決定其流程十分復雜的原因是公司的選址和從事的行業很特殊，自貿區的公司都是需要經過嚴格的審查的，這樣在申請的時候就會需要花費較多的時間，所以說選址和公司類型決定了我們的申請過程是不是十分麻煩，而且在申請的時候還需要注意的是哪一種公司類型是我們所需要的，類型的不同也會影響注冊結果。一般想要申請自貿區公司注冊的法人代表都是需要從事跨國貿易的，如果說你決定以后不涉及到或者是短期內不去涉及這種貿易模式，完全可以申請其他類型的注冊，在以后需要改變模式的時候再進行申請。

自貿區公司注冊流程復雜之處就在于對企業后期運轉模式以及從業領域的審查是比較復雜的，這樣的話我們在實際的經營中才不會被二次審查，可以說是在前期比較麻煩，但是在后期的實際的運轉中不會受到太大的困擾，自貿區的公司可以接受長期的定期檢查正是因為前期審核十分嚴格的緣故。